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2004年四校合并组建6163银河主站,原西昌师专和凉山州教育学院数学系、物理系合并组建数理系,原西昌师专化学系、生物系和凉山州教育学院化学系合并组建生化系,2009年12月学校成立二级学院,数理系和信息技术系组建汽车与电子工程学院,生化系与食品系组建轻化工程学院。随着办学成果的日渐显著、规模和影响力的不断扩大,学校对学科专业布局进行第一次调整和二级学院重组,2016年12月成立6163银河主站理学院。2026年,学校对学科专业布局进行第二次调整和部分二级学院重组,于2026年7月成立材料与能源工程学院。